Dataset Previews
First, initialize by adding tools and declare floating type
using GriddingMachine
using PkgUtility
using Plots
using Plots.PlotMeasures
ENV["GKSwstype"]="100";
FT = Float32;
# use this to fix the problem in generated preview.jl file
F1 = joinpath(@__DIR__, "../../Artifacts.toml");
F2 = joinpath(@__DIR__, "../../../Artifacts.toml");
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS = (isfile(F1) ? F1 : F2);
predownload_artifact.(["GPP_MPI_v006_1X_8D", "GPP_VPM_v20_1X_8D",
"NPP_MODIS_1X_1Y", "canopy_height_20X_1Y",
"clumping_index_12X_1Y", "clumping_index_2X_1Y_PFT",
"land_mask_ERA5_4X_1Y", "leaf_area_index_4X_1M",
"leaf_chlorophyll_2X_7D", "leaf_traits_2X_1Y",
"river_maps_4X_1Y", "SIF_TROPOMI_740_1X_1M",
"surface_data_2X_1Y", "tree_density_12X_1Y",
"wood_density_2X_1Y"],
GRIDDINGMACHINE_ARTIFACTS);#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
-=#=# # #
0.0%
0.1%
0.4%
1.3%
### 5.0%
########## 14.7%
################# 24.1%
######################## 33.7%
############################### 43.2%
##################################### 52.7%
############################################ 62.2%
################################################### 71.8%
########################################################## 81.2%
################################################################# 90.8%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.0%
0.1%
0.5%
# 1.7%
#### 6.7%
############# 18.4%
##################### 29.3%
############################# 40.3%
#################################### 51.1%
############################################ 61.9%
#################################################### 72.6%
########################################################## 80.8%
############################################################ 84.3%
################################################################### 93.1%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
###################### 30.9%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.1%
# 2.3%
##### 7.0%
################### 26.6%
####################################################################### 99.9%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
1.2%
#### 5.9%
######## 12.1%
################################## 47.9%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
# 2.0%
#### 6.8%
#################### 29.0%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
## 3.0%
######## 11.9%
################################### 49.5%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.2%
1.0%
## 3.2%
######## 11.9%
################################## 47.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.0%
1.1%
### 4.3%
########### 16.0%
############################################ 61.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
1.0%
#### 6.4%
####### 9.8%
###################### 30.7%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.3%
1.3%
## 3.9%
########## 14.5%
################### 26.8%
############################## 42.1%
######################################### 58.0%
###################################################### 75.1%
################################################################### 93.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.1%
0.6%
# 2.1%
##### 7.5%
##################### 29.3%
########################################################## 80.8%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.0%
0.1%
0.3%
1.0%
## 4.0%
##### 7.5%
######## 11.8%
############ 16.9%
################ 22.9%
#################### 29.0%
######################### 34.8%
############################ 40.1%
################################ 45.5%
#################################### 50.1%
##################################### 52.8%
######################################## 55.9%
########################################## 58.9%
############################################ 62.0%
############################################### 65.3%
################################################# 68.6%
################################################### 72.0%
###################################################### 75.4%
######################################################## 78.7%
########################################################## 81.1%
############################################################ 83.5%
############################################################# 85.9%
############################################################### 88.4%
################################################################# 90.9%
################################################################### 93.4%
##################################################################### 95.9%
###################################################################### 98.4%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
0.1%
1.3%
## 3.7%
########## 14.1%
####################################### 55.2%
######################################################################## 100.0%
#=#=#
##O#- #
##O=# #
#=#=-# #
-#O#- # #
# 2.8%
########## 14.6%
################################# 46.4%
######################################################################## 100.0%Then, define a function to plot the dataset
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
size=(700,300),
framestyle=:none)
end
function preview_data(ds::GriddedDataset{FT}, ind::Int, clim::Tuple)
# preview data
return heatmap(view(ds.data,:,:,ind)',
origin="lower",
aspect_ratio=1,
xticks=[],
yticks=[],
c=:viridis,
clim=clim,
size=(700,300),
framestyle=:none)
endpreview_data (generic function with 2 methods)
Leaf level datasets
Leaf chlorophyll content
LCH_LUT = load_LUT(LeafChlorophyll{FT}());
mask_LUT!(LCH_LUT, FT[0,Inf]);
LCH_LUT = regrid_LUT(LCH_LUT, Int(size(LCH_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(LCH_LUT.data,3)
preview_data(LCH_LUT, i, (0,80));
end
gif(anim, fps=5)
Leaf nitrogen content
LNC_LUT = load_LUT(LeafNitrogen{FT}());
mask_LUT!(LNC_LUT, FT[0,Inf]);
LNC_LUT = regrid_LUT(LNC_LUT, Int(size(LNC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LNC_LUT, 1)Leaf phosphorus content
LPC_LUT = load_LUT(LeafPhosphorus{FT}());
mask_LUT!(LPC_LUT, FT[0,Inf]);
LPC_LUT = regrid_LUT(LPC_LUT, Int(size(LPC_LUT.data,2)/180));
preview_data(LPC_LUT, 1)Specific leaf area
SLA_LUT = load_LUT(LeafSLA{FT}());
mask_LUT!(SLA_LUT, FT[0,Inf]);
SLA_LUT = regrid_LUT(SLA_LUT, Int(size(SLA_LUT.data,2)/180));
preview_data(SLA_LUT, 1)Vcmax
VCM_LUT = load_LUT(VcmaxOptimalCiCa{FT}());
mask_LUT!(VCM_LUT, FT[0,Inf]);
VCM_LUT = regrid_LUT(VCM_LUT, Int(size(VCM_LUT.data,2)/180));
preview_data(VCM_LUT, 1)Stand level datasets
Canopy height
CHT_LUT = load_LUT(CanopyHeightGLAS{FT}());
mask_LUT!(CHT_LUT, FT[0,Inf]);
CHT_LUT = regrid_LUT(CHT_LUT, Int(size(CHT_LUT.data,2)/180));
preview_data(CHT_LUT, 1)Clumping index
# global clumping index
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexMODIS{FT}(), "12X", "1Y");
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
preview_data(CLI_LUT, 1, (0.4,1))# global clumping index per PFT
CLI_LUT = load_LUT(ClumpingIndexPFT{FT}());
mask_LUT!(CLI_LUT, FT[0,1]);
CLI_LUT = regrid_LUT(CLI_LUT, Int(size(CLI_LUT.data,2)/180));
anim = @animate for i ∈ 1:size(CLI_LUT.data,3)
preview_data(CLI_LUT, i, (0.4,1));
end
gif(anim, fps=1)
Gross primary productivity
# GPP MPI
anim = @animate for year ∈ 2001:2019, i ∈ 1:46
GPP_LUT = load_LUT(GPPMPIv006{FT}(), year, "1X", "8D");
mask_LUT!(GPP_LUT, FT[-100,Inf]);
preview_data(GPP_LUT, i, (0,10));
end
gif(anim, fps=20)